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| 放送 | 第1期：2010年秋
第2期：2012年夏 |
| 話数 | 第1期：全84話
第1期：全60話 |
| 制作 | オー・エル・エム |
| 声優 | サトシ:松本梨香/ピカチュウ:大谷育江/アイリス:悠木碧/デント:宮野真守/ムサシ:林原めぐみ/コジロウ:三木眞一郎/ニャース:犬山イヌコ |
| オープニングテーマ | 第1期：松本梨香「ベストウイッシュ!」
第2期：松本梨香「やじるしになって!」 第2期：ダイスケ「夏めく坂道」 |
| エンディングテーマ | 第1期：奥井亜紀「心のファンファーレ」
第1期：ポケモンBW合唱団「七色アーチ」 第1期,第2期：ももいろクローバーZ「みてみて☆こっちっち」 |
ポケモンマスターを目指して旅を続ける主人公・サトシとパートナーのピカチュウ。 新しく出会った、アイリスとポケモンソムリエのデントとともに、さまざまな出会いを通じて仲間の大切さを知り、ライバルとのバトルを熱い友情で乗りこえて、成長してゆく･･････。
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ポケットモンスター ベストウイッシュ（1期）
Contents
第1話『イッシュ地方へ！ゼクロムの影！!』
まだ見たことのないポケモンたち…。まだ行ったことのない町…。未知なるものに出会うため、新たな冒険の地、イッシュ地方に降り立ったサトシとピカチュウ！新天地での冒険に胸をふくらませていると、そこに現れたのは、この地方のポケモン研究の権威、アララギ博士！早速研究所に向かおうとしたのだが、その時、突然空に黒い雲が現れ、雷鳴が響き渡った！その中心には、黒い巨大なポケモンのような影が。そして次の瞬間！その影から放たれた一筋の稲妻が、サトシのピカチュウに直撃！ほおぶくろをスパークさせ苦しむピカチュウ。急いで博士の研究所へ向かい、詳しく検査をすることに。だが、検査の結果は思いもかけないものだった…。なんとピカチュウはでんきタイプのわざが使えなくなっていたのだ！波乱の幕明けとなった２人の旅、一体どうなってしまうのか！？
第2話『アイリスとキバゴ！』
ピカチュウの身に起きた異変に戸惑いながらも、イッシュ地方の旅に出ることを決めたサトシたち。まずはこの地方のポケモンをゲットしようと森の中を進んでいく。すると目の前の草むらがゴソゴソと揺れているのを発見！急いで図鑑を向けてみると、そこには“キバポケモン”キバゴがいるとの表示が！早速ゲットとモンスターボールを投げるサトシ！だが、ボールが当たった草むらの中から聞こえたのは人間の声！？そして、勢いよく飛び出してきたのは、キバゴではなく一人の女の子！彼女の名前はアイリス。そしてお目当てのキバゴはアイリスの髪の中！果たして、この謎の少女の正体は…！？
第3話『ミジュマル！メグロコ！危機一髪！！』
まずは最初のジムがあるサンヨウシティを目指すサトシ。そして、なぜか一緒についてくるアイリスは、その道中、ダンという名の少年に出会う。彼の家は近くにある温泉リゾートで、自慢の砂風呂があるらしい。早速入らせてもらうと、砂のあちこちに“さばくワニポケモン”メグロコの姿が！ダンが言うには、普段はとっても大人しくて、トレーナーと一緒に砂風呂を楽しんでいるのだという。だが、そんなメグロコたちが、突然ものすごい勢いで地面を掘り始めた！ 巻き起こる砂煙の先に現れたのは、サングラスをかけたメグロコ！驚くサトシたちをよそに、大きな口でピカチュウとキバゴ、そしてこっそり後をついてきていたミジュマルを連れて行ってしまった！一体このメグロコの目的とは！？
第4話『バトルクラブ！謎のポケモン現る！！』
サンヨウシティに向けて旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、面白い施設を見つける。それは『ポケモンバトルクラブ』と呼ばれる、トレーナーが自由にバトル出来る場所だった。やる気満々のサトシは猛スピードでバトルクラブへ！出迎えてくれたのはクラブの支配人、ドン・ジョージ。話をしていると、イッシュ地方には珍しいピカチュウを連れているサトシに早速声がかかる。いざ、バトル開始！だが、一気に先制攻撃を仕掛けようとしたその時。けたたましい警報が鳴り響いた！どうやら、倉庫に何者かが侵入したらしい。カメラに写っていた映像を確認してみると、そこにいたのはなんと…！！
第5話『サンヨウジム！ＶＳバオップ、ヒヤップ、ヤナップ！！』
ついにやってきたサンヨウシティ！イッシュ地方初のジム戦を前に興奮を抑えきれないサトシの前に、デントと名乗る一人の青年が。デントは、アイリスとキバゴが仲良さそうにしている姿を見て、二人の相性はバッチリだと告げる。どうやら『ポケモンソムリエ』という資格を持っており、トレーナーとポケモンの相性などを見ることができるらしい。せっかくなので、話を聞きながらサンヨウジムまで案内してもらうことに。そして、目の前に現れたのは待ちに待ったサンヨウジム！戦闘モードで勢いよく飛びこむサトシ！だが、建物の中には目を疑うような光景が広がっていた…。
第6話『夢の跡地！ムンナとムシャーナ！！』
ジム戦を終え、ポケモンセンターでポケモンたちの疲れを癒していたサトシたち。するとそこに大慌てでキバゴを抱いたアイリスが駆け込んできた！腕の中のキバゴはうっすらとピンクの光に包まれ、すやすやと眠っている。話を聞くと、眠ってしまったキバゴがどうやっても起きないらしい！この状況に一同が困惑していると、そこに“ゆめくいポケモン”ムンナを連れた女性が現れた！彼女の名はマコモ博士。どうやらこの眠りの原因を知っているらしい。それを解決するために外へと飛び出したサトシたち。だが、目の前には驚くべき光景が！空から舞うピンクの光、緊急事態を告げるジュンサーさん。街はパニックに陥っていた…。
第7話『ツタージャ・ゲットでメロメロ！？』
サトシ、アイリス、デント。共に旅をすることになった３人が森で一休みしていると、そこに“くさへびポケモン”ツタージャが現れ、デントが作ってくれたケーキを食べ始めてしまった！慌てて止めようとするピカチュウだったが、なぜか突然目がハートに！どうやら、ツタージャの『メロメロ』を浴びてしまったようだ。フラフラのピカチュウを見下すような目で見つめるツタージャは、素早い身のこなしで逃げてしまった。だが、そんな姿にメラメラと闘志を燃やす男、サトシ！絶対にゲットして見せると意気込み、追いかけっこがスタート！果たしてサトシは見事ツタージャをゲットすることが出来るのか！？
第8話『ダルマッカとヒヒダルマ！時計塔の秘密！！』
次なる目的地へ向かう途中、ポケモンたちと一緒に川辺でランチをしていたサトシたち。なごやかに過ごす一同、だがその時！ピカチュウとキバゴのポケモンフーズがなくなってしまった！誰の仕業かと辺りを見回していると、そこに現れたのは“だるまポケモン”のダルマッカ２体！追いかけるサトシたちを『かえんほうしゃ』で振り切って、あっという間に逃げてしまった。捕まえたいところだが、傷ついたポケモンたちの治療が先。急いでポケモンセンターへ向かうことに。しかし、なんとそこにも２体のダルマッカが！しかもまた食べ物を奪って逃げていくではないか！果たしてダルマッカたちの目的とは…！？
第9話『ペンドラー暴走！キバゴを救え！！』
アイリスとキバゴ、デントとヤナップ。向かいあう二人はバトルの練習中！だが、まだまだパワー不足なキバゴにヤナップも手加減してわざを繰り出す。少しずつ強くなればいいとキバゴに語りかけるアイリス。いつも優しいアイリスが大好きなキバゴは、きのみをプレゼントしようと森の中に探しに行くことに。すると、高い木の上においしそうなきのみを発見！慌ててついてきたピカチュウの制止も振り切って、細い枝の上で思いっきり手を伸ばすキバゴ。きのみまであと少しと思ったその時！足元の枝が折れて真っ逆さま！落ちた先は“メガムカデポケモン”ペンドラーの上！驚いたペンドラーはキバゴを連れたまま暴れ始めてしまった…！
第10話『ライバルバトル！強敵プルリル！！』
シッポウジムを目指し旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、ポケモンバトルクラブを発見！早速対戦相手を探すサトシ。するとそこにはシューティーの姿が！急いでバトルを申し込み、ドン･ジョージさんに頼んでライブキャスターに連絡をしてもらうことに。予期せぬ再戦に熱くなるサトシをよそに、いつも通りクールに登場したシューティーと５対５のバトル開始！サトシの１体目はミジュマル、シューティーは“のばとポケモン”ハトーボーを繰り出した。ホタチを使った独創的な攻撃を仕掛けるサトシとミジュマル！しかし、シューティーのハトーボーも負けじとわざを繰り出す！この勝負、勝つのはどっち！？
第11話『イシズマイ！自分の家をとりもどせ！！』
シッポウシティへ向け旅を続けるサトシたちは、その道中、岩を削り家を作っている“いしやどポケモン”イシズマイに出会った。珍しい光景を眺めていると、そこに新たに３匹のイシズマイが現れた！そのうちの１匹はひときわ大きな岩を背負っていて、まるで３匹のボスのよう。そのボスが見据えるのは、イシズマイが懸命に作った岩の家！そして次の瞬間、３匹は一斉にイシズマイへと襲いかかり、岩の家を奪い去ってしまった！その卑怯なやり方を見ていたサトシたちは、イシズマイに家の奪還に協力させてほしいと申し出る。最初は警戒していたイシズマイだが、徐々にサトシたちに心を開き、いよいよ作戦スタート！一体どうなる！？
第12話『ヤブクロン戦隊と秘密基地！？』
旅の途中のとある道、目の前から三輪車に乗った子供たちが…。すると突然、子供たちが泥だんごを投げつけてきた！直撃をくらったサトシたちの横を大はしゃぎで通り過ぎる子供たち。さらに、その軍団の中にいた“ゴミぶくろポケモン”ヤブクロンが落ちていたサトシの大事な帽子を拾って行ってしまう！急いで追いかけようとするサトシたち。そこに、ユリと名乗る女性が声を掛けてきた。どうやらユリはさっきの子供たちが通う幼稚園の先生で、とても困っているのだという。話を聞くために幼稚園に向かったのだが、目の前の光景にビックリ！なんと、幼稚園にはゴミの山に囲まれた秘密基地が出来ていて、子供たちが立てこもっているというのだ！
第13話『チラーミィはきれいずき！？』
シッポウジムに向けて旅を続けるサトシたち。そこに突然一人の少女がぶつかってきた！彼女の名はベル。アララギ博士に頼まれて、サトシにあるものを渡しに来たのだという。それはバッジケース！…だが、かばんの奥にしまわれていたケースは、埃まみれでドロドロになっていた。とはいえ、大事なケースを手にして上機嫌なサトシ。ところが、高々と掲げたバッジケースがいつの間にか手の中から消えていた！それと同時に走り去る１匹の“チンチラポケモン”チラーミィ！口には大事そうにバッジケースをくわえている！慌てて追いかけるサトシたち。ドタバタの追いかけっこ、一体どうなる！？
第14話『シッポウシティ！博物館で大冒険！！』
ついにシッポウシティに到着したサトシたち。当然目指すは、シッポウジムで勝利して２個目のバッジをゲットすること！気合満点のサトシと共に、いざシッポウジムへ！ところが、博物館を兼ねたシッポウジムの扉は固く閉ざされていて、しかも何だか様子がおかしい…。中を確認しようと扉に手を掛け、のぞきこんだその時！長い廊下の向こうから悲鳴をあげて一人の男性が走ってきた！あわたふためくその男性の名はキダチ。どうやらこの博物館の副館長で、とんでもないことに巻き込まれているのだという。そんなキダチの話を詳しく聞いてみると、なんと博物館中でおばけの仕業のような、奇妙な現象が連続しているらしい…！
第15話『シッポウジム戦！ＶＳジムリーダー・アロエ！！』
博物館の奇妙なナゾを解決したサトシたち。ジムリーダー・アロエとも出会い、いよいよ待ちに待ったジム戦！だが、フィールドに辿り着くには、アロエが出すミッションに答えなければいけないらしい。思わぬ展開に戸惑いながらも、なんとかクリア！ようやくバトルフィールドへ。ノーマルタイプのポケモンの使い手であるアロエは、ミルホッグとヨーテリーを使うと高らかに宣言。自分の手持ちを相手に見せて、その反応を伺うのがシッポウジムのスタイルらしい。サトシも心に決めた２体のボールを握り、いざ、バトル開始！アロエが最初に出したのは“こいぬポケモン”ヨーテリー！一方サトシはポカブを送り出す。しかしこのバトル。まさかの展開が待ち受けていた…！
第16話『再戦シッポウジム！新技炸裂！！』
２個目のバッジをかけたアロエとのジム戦。しかしサトシは、『ほえる』と『くろいまなざし』のコンビネーションの前に敗れてしまった。リベンジに燃えるサトシは、バトルクラブでドンジョージの特訓を受けることに。もちろん、ポカブとミジュマルも一緒だ！まずはポカブと、アロエのヨーテリーが使う強烈な『シャドーボール』に見立てたボールをかわす特訓をし、続けざまにミジュマルと水流に逆らってプールを泳ぐ特訓を行ったサトシ。新たなわざを身につけた２体と共に、再びシッポウジムへと向かう！だが、相手は百戦錬磨のジムリーダー。バトルは思わぬ展開に…。
第17話『たまごからかえったあばれん坊！』
幼稚園の先生、ユリを助けた時にもらったタマゴに異変が！カタカタと揺れながら光るその様子にみんな興味津々。特にキバゴは新しい仲間が増えてうれしいのか、ひときわ熱心にその様子を見守っている。点滅が早くなり、いよいよタマゴがかえるかというその時！嬉しさのあまりはしゃいでいたキバゴがタマゴにぶつかってしまった！斜面をものすごいスピードで転がるタマゴ！急いで追いかけるサトシたち。しかしますます加速するタマゴは、岩肌で跳ねて空中に飛び出してしまった！このまま落下したらタマゴが割れてしまう！突如訪れた大ピンチ！一体どうなってしまうのか！？
第18話『ヤグルマの森！クルミルとアーティ！！』
次なるジムのあるヒウンシティへ向けて旅を続けるサトシたちは、ヤグルマの森で、１体の“さいほうポケモン”クルミルに出会う。負けん気が強いクルミルのゲットに燃えるサトシは、森の奥へと一直線！その結果、迷路のような森に迷い込んでしまった！どうにかして元の道に戻ろうと奮闘する３人は、高い木の上から道を探すことに。だが、サトシが見つけたのは元の道ではなく、木の枝にぶら下がる巨大な葉っぱのかたまり！そして次の瞬間！葉っぱがほどけて中からヒウンジムのジムリーダー・アーティが颯爽と現れた！！話を聞きながら共に森を進んでいくと、そこにはさっきのクルミルが…。
第19話『ソムリエ対決! イシズマイVSフタチマル!! (VS＝ブイエス)』
ヒウンシティへ向かう道中、サトシたちの目の前に飛びこんできたのは、新たにオープンしたフレンドリィショップ！ワクワクしながら中を見ていると、フロアの奥に行列が出来ていた。どうやらそこでは、公認ポケモンソムリエがトレーナーとポケモンをテイスティングしてくれるらしい！興味津々のサトシがさっそく中へと入っていくと、一人の女の子が待ちかまえていた。彼女の名はカベルネ。ちゃんと公認のソムリエ資格を持っているという。そんなカベルネに自慢のポケモンたちを差し出すサトシ。だが次の瞬間！目を細め、ポケモンずかんを向けたカベルネの口から耳を疑うような言葉が飛び出した…！
第20話『ピカチュウVSメグロコVSコアルヒー！！』
タマゴからかえったばかりのズルッグと特訓中のサトシとピカチュウ。一息ついてランチにしようとしたその時、トンネル状の落とし穴に落ちてしまった！行きついた先に待っていたのはいつかのサングラスをかけたメグロコ！どうやらピカチュウにバトルを挑むため、穴に落としておびき出したようだ。やる気満々のメグロコを前にバトルを受けることにしたサトシとピカチュウ。だが、そこに１体の“みずどりポケモン”コアルヒーが現れ、メグロコのサングラスを奪っていってしまった！実はこのコアルヒー、とんでもないいたずら好きで次から次へとサトシたちを困らせるいたずらを仕掛けてくるのだが…。
第21話『スカイアローブリッジとゴチルゼル！』
ヒウンシティへと続く巨大な橋『スカイアローブリッジ』にたどりついたサトシたち。だが、橋には霧がかかっていて見通しが悪くなっていた。どうしても先を急ぎたいサトシたちは、お構いなしで橋を渡り始める。すると、霧の中から“てんたいポケモン”ゴチルゼルが現れ、サトシたちに攻撃をしかけてきた！仕方なくツタージャで応戦するも、突然あたりが光に包まれ、気付いた時には再び橋のふもとへと戻されていた。
第22話『ヒウンシティ！ フシデパニック！！』
ようやく辿り着いたヒウンシティ。イッシュ地方の中心と呼ばれる街なだけに、巨大なビルが立ち並んでいる。サトシの目当てはもちろんアーティとのジム戦…だったのだが、たまたま街の中で出会ったアーティは、どうしても気になることがありジム戦どころではないという。その内容とは、街にいるむしタイプのポケモンたちの様子がおかしいということ。原因を探るべく共に行動を開始したサトシたちは、地下水道にたどりつく。
第23話『ヒウンジム戦！純情ハートの虫ポケモンバトル！！』
サトシたちは、ついにジムリーダー・アーティとのジム戦に挑む！むしタイプのポケモンの使い手であるアーティが、緑一杯のジムでお出迎え。そんなアーティが最初にフィールドに送り出したポケモンはイシズマイ！対するサトシは手堅くポカブを送り出す。ほのおタイプのわざで一気に決めようとするサトシに対して、驚くほど素早いスピードを見せるアーティのイシズマイは、強力な「がんせきほう」でポカブをノックアウト！
第24話『かわいい顔に要注意！エモンガでシビレビレ！！』
ライモンシティへ向け、ベルと共に旅立ったサトシたちの前に１体の“モモンガポケモン”エモンガが現れた！キバゴが落としたきのみを拾ってくれたエモンガの愛らしい仕草に、ポケモンたちもすっかり虜。そんな可愛らしいエモンガを見て大興奮のベルは、さっそくゲットしようとバトルすることに！しかし、メロメロで相手を翻弄するエモンガのバトルに歯が立たず逃げられてしまう。
第25話『エモンガＶＳツタージャ！ボルトチェンジで大混乱！！』
ゲットしたエモンガと早速バトルの特訓を始めるアイリス。しかし、いざベルのチラーミィとのバトルになると、指示も出していないのに『ボルトチェンジ』で他のポケモンと入れ替わってしまう！しかも、このエモンガのボルトチェンジは少し変わっていて、サトシやデントのポケモンとも交代して引きずり出してしまうのだ！みんなが慌てている様子を木の上で嬉しそうに眺めるエモンガ。どうやらかなりイタズラ好きな性格のよう。
第26話『ヒトモシ屋敷のこわ～いお話！』
ライモンシティを目指して旅を続けるサトシたちは、急な雨に降られ雨宿りできる場所を探していた。何とか丘の上の洋館にたどりついたサトシたちは、少しだけ休憩させてもらうことに。だがその時、棚や花瓶がひとりでに動き出し、サトシたちめがけて襲いかかってきた！慌てて逃げながらも、ピカチュウの１０まんボルトで何とか振り払おうとするサトシたち。実はこれ“ろうそくポケモン”ヒトモシの仕業！
第27話『ドラゴンマスターへの道！キバゴＶＳクリムガン！！』
森の茂みの中からポケモンの雄叫びが聞こえてきた。その声の主は“ほらあなポケモン”クリムガン！しかもいきなり『きあいだま』で攻撃をしかけてきた！あわててかわすサトシたち。するとクリムガンの後を追うように一人のトレーナーが。エミーという名の少女はクリムガンのトレーナーで、突如暴れ出したクリムガンを見失っていたらしい。近付いて様子を見てみると、クリムガンの足に太いワイヤーが絡まっていた。
第28話『消えたホタチ！ミジュマル最大の危機！！』
ライモンシティへ向け旅を続けるサトシたちの前に“たいでんポケモン”シママを連れたトレーナー・ケニヤンがバトルを挑んできた！このバトルに名乗りをあげたのは、なんとみずタイプのミジュマル！自慢のホタチでどんな攻撃もはじき返して見せるとやる気十分。バトル序盤はでんきタイプのわざを華麗にかわすミジュマルだったが、シママの強烈な『にどげり』を受けたその時、大事なホタチが遥か彼方に飛ばされてしまった！
第29話『恋するモンメンは風に乗って！』
サトシたちがバトルの特訓をしていると、１体の“わたたまポケモン”モンメンが現れた。デントが言うには、この時期になるとモンメンは集団で行動し、カップルになって飛び立っていくらしい。このモンメンはその群れからはぐれてしまったようだ。しかしそれには理由があった。ズルッグが草の茂みの先でもう１体モンメンを見つけたのだ！どうやら最初に出会ったモンメンは、このモンメンのことが好きで追ってきたようだ。
第30話『リグレーと未確認飛行物体！』
ライモンシティへの長旅に備え、ゆっくり眠っているサトシたちの元に、突如謎の飛行物体がものすごい光を発しながら飛んできた。その動きはまるでＵＦＯのよう…。夜が明けてすぐ、その謎の飛行物体の情報を聞いて回ることにしたサトシたちは、イモリという名の博士が町外れの研究所に住んでいると聞かされる。話を聞くため、研究所に向かおうとしたサトシたち。だが、目の前まで来たところで３人を不思議な現象が襲う！
第31話『ライバルバトル！バニプッチ、ドッコラー参戦！！』
旅を続けるサトシたち。ランチタイムにふとしたことから、ガマガルをゲットしようと“しんせつポケモン”バニプッチでバトルをしていたシューティーに遭遇！だが、サトシのせいで逃げられてしまう。あきれたシューティーはその場を去ろうと背を向けるが、サトシはバトルを申し込む！断ろうとするも、アイリスに「逃げるの？」とからかわれたシューティーはこの挑戦を受け、３対３のバトルをすることに！
第32話『ガマガル、マッギョ！水辺の戦い！！』
ミジュマルの思わぬ弱点「水の中で目を開けられない」という事実を知ったサトシ。早速特訓をするため、大きな池のある場所にやってきた！他の仲間たちをアイリスにあずけて、つきっきりで特訓するサトシだったが、ミジュマルはなかなか目を開けられない。そんな中、サトシたちの帰りを待つアイリスがポケモンたちを遊ばせていると、草むらにひそんでいた“きのこポケモン”タマゲタケにズルッグが『ずつき』！
第33話『ドラゴンバスター登場！アイリスとドリュウズ！！』
ライモンシティへ向かう旅の途中、その前に突如立ちはだかる少女・ラングレー。お目当ては竜の里出身のアイリス！どうやらラングレーは『ドラゴンバスター』と呼ばれるこおりタイプの使い手で、アイリスとバトルをするため待ち伏せていたらしい。ラングレーからのひどい挑発に怒り心頭のアイリスは、このバトルを受けることに！ラングレーが送りだしたのは“とうけつポケモン”のツンベアー。
第34話『ダンゴロ！ラスターカノン発射せよ！！』
ライモンシティへ向け旅を続けるサトシたちは、とある森で休憩中。そこに、１体の“マントルポケモン”ダンゴロが現れ、ところせましと大暴れ！そんな姿を見たサトシのゲット心に火がついた！さっそくミジュマル・ポカブでバトルをするが、まさかの惨敗！治療のためポケモンセンターへ向かう羽目に。立ち去るサトシたちを見つめるダンゴロ。どうやら暴れていたのには何か理由がありそうだ…。
第35話『ソムリエ探偵デント！タブンネ失踪事件！！』
旅を続けるサトシたちは、深い霧のたちこめる森の中で迷子になっていた。すると目の前に人影が…。道を尋ねようと近付いてみると、そこにいたのは“ヒヤリングポケモン”タブンネ！だが、何やらいつもと様子が違う。サトシたちを無視して、フラフラと歩いて行ってしまったのだ。急いで後を追おうとするが、その行く手を阻むようにジュンサーさんが現れる。しかも、なんとサトシたちを逮捕すると言い出した！
第36話『化石復活！古代怪鳥アーケオス！！』
サトシたちは、とある町でアララギ博士とマコモ博士に再会する。２人の博士は『はねのかせき』から“さいこどりポケモン”アーケンを復活させようとしているところだった。巨大なマシンにかせきを入れてスイッチを押し、ムシャーナのエネルギーでその力を高めていくと、マシンの中からけたたましい鳴き声と共に、１体のアーケンが現れた！目が覚めて興奮状態のアーケンは『りゅうのいぶき』をあちこちに放つなどやりたい放題！
第37話『釣りソムリエ・デント登場！』
旅を続けるサトシたちのもとに、またもや騒がしいアノ人が…。ものすごい勢いでぶつかられたサトシは、いつものように川の中へ。ペコペコと頭を下げる少女、ベルだ！近くの町で開催される釣り大会にエントリーするため、急いでいたのだという。この話を聞いて眼の色が変わったのはデント！どうやら釣りソムリエの異名を持つ程の釣り好きらしい。気合十分のデントの勢いに負け、ベルと一緒に大会にエントリーすることに。
第38話『ゾロア・ザ・ムービー！ポケモンナイトの伝説！！』
サトシたちが立ち寄った映画館で、驚きの出会いが！なんと“わるぎつねポケモン”ゾロアが現れたのだ！映画のヒロインに化けるのが大好きなこのゾロアを主役に、映画を撮っているというトレーナー・ルークの誘いを受け、サトシたちも一緒に映画を作ることに！サトシの役は、ゾロアが演じる姫を救出するため、海賊デントに立ち向かうポケモンナイト！しかしその時、まさかの乱入者が現れ、映画が台無しの危機に…！
第39話『全員集合！ドンバトル！！』
サトシたちは、ドン・ジョージ主催のバトル大会「ドンバトル」へ出場するため、ルークと共にライモンタウンへやってきた。そこには今まで旅で出会ったたくさんのトレーナーが集まっていた！アクセントが難しいケニヤン。ポケモンソムリエールのカベルネ。ドラゴンバスターのラングレー。お騒がせ娘のベル。そして、ライバル・シューティー！さらには、デント、アイリス、ルークも参加を決め、サトシのやる気は最高潮！
第40話『熱闘ドンバトル！ツタージャＶＳコマタナ！！』
ドンジョージが主催するバトル・トーナメント「ドンバトル」がいよいよ始まった。カベルネと対戦したサトシは、ガマガルの活躍により見事１回戦を勝ち抜いた。デントＶＳシューティー、ベルＶＳケニヤンを始め、白熱のバトルが続く１回戦。ラングレー、アントニオ、サトシに続き、２回戦に進めるのは果たして…？そして発表される２回戦の対戦カード、１回戦を勝ち抜いたサトシが対戦する相手とは誰なのか！？
第41話『白熱ドンバトル！エモンガＶＳダゲキ!!』
ライモンタウンのポケモンバトルクラブのドンジョージが主催するバトル・トーナメント「ドンバトル」。サトシは２回戦でドラゴンバスター・ラングレーと激突し、絶体絶命のピンチに追い込まれる。ラングレーのコマタナの鋭い攻撃に苦しむ、サトシのツタージャ。サトシはこのピンチを抜け出し、準決勝に進出することができるのか…！？
第42話『決戦ドンバトル！サトシ対アイリス!!』
着々と勝ち上がったサトシは決勝戦へと進んだ。つづく準決勝第２試合はアイリスＶＳルーク。大会での初バトルに臨んだアイリスのキバゴは、ルークのゴビッドの連続攻撃から、逃げるほかに術がないピンチに追い込まれる。しかし、キバコが土壇場で繰り出した新たな技により見事ルークのゴビッドを破り、アイリスは決勝戦への切符を手に入れる。そして、迎えた決勝戦、サトシとアイリスの白熱のバトルが始まる！
第43話『ニャゴシエーター・ニャース！ズルズキン説得作戦!!』
サトシたちは、次のジムのあるライモンシティに向けて旅を続けていた…が、ボロボロになって倒れているロケット団のニャースと遭遇する。サトシたちの手当てのおかげで、意識を取り戻したニャース。ニャースは、作戦を失敗して本部からクビを宣告され、ムサシ・コジロウと別れて、身も心もズタボロになってあちこちをさまよっていたのだという。そんなニャースをみて、一緒に旅をしようと提案するサトシ・アイリス・デント。
第44話『チョロネコに御用心！ニャースとミジュマル！！』
ひょんなことから一緒に旅をすることになったニャースと旅を続けるサトシたちは、１匹のチョロネコと遭遇する。“しょうわるポケモン”チョロネコの可愛らしさに一目で夢中になってしまった、ニャースとミジュマル。二匹はなんとかチョロネコの気を引こうとやっきになって、アピール合戦をしている。チョロネコはそんな二匹に、「自分の友達が洞窟に閉じ込められている」と助けを求めてきたのだった。
第45話『オーベムとダブランと夢泥棒！』
途中で日暮れを迎えた一行はキャンプの準備を始め、ニャースは薪によさそうな木の枝を探すことに。なかなか見つからない薪を探しているとすると、“ブレインポケモン”のオーベムが現れて薪の束を差し出してくれた。「どんな望みも叶えることができる」というオーベムは、料理に足りない材料を出してくれたりと至りに着くせり。そんなオーベムに、デントはリゾートホテルのスイートルームで眠りたいという願いごとを言う。
第46話『ニャゴシエーター・ニャース！ツンベアーの森を突破せよ！！』
嵐のせいで荒れている山道を進んでいると、“ひょうけつポケモン”のクマシュンが倒れていた。クマシュンの元気を取り戻すために食べ物を探すサトシたちだが、やっと見つかった木の実を手に取ると、いきなり“とうけつポケモン”のツンベアーが現れた。そんな中、ニャースはニャゴシエーターとしてツンベアーの興奮を鎮めようとするが、ツンベアーたちは容赦なく“こごえるかぜ”を放って襲ってくるのだった。
第47話『激走！バトルサブウェイ！！（前編）』
ライモンシティに到着した一行は、地下鉄でポケモンセンターへ向かうことになった。地下鉄の運転席を大興奮で凝視していたデントだが、列車は緊急停止してしまう。窓の外の様子をうかがうと、すぐ隣の線路を見たこともない車輌が通り過ぎたのだった。ライモンシティの地下鉄を管理するサブウェイマスターのノボリ、クダリと合流した一行。二人によると、最近ダイヤにない“幽霊列車”が現れるようになったのだという。
第48話『激走！バトルサブウェイ！！（後編）』
地下鉄を使って逃走するロケット団を追って、サトシ達とサブウェイマスター・ノボリ・クダリ兄弟の追跡が始まった。幽霊列車のダミー作戦に苦戦しながらも、なんとかロケット団が乗った幽霊列車の行き先を絞り込むことに成功したサトシ達は、クダリのパートナー“でんきうお”ポケモンのシビルドンの放電でスピードアップしたトロッコに乗りこんで、再びロケット団を追い始めるのだった。
第49話『ジムリーダーはカリスマモデル！カミツレ登場！！』
４個目のジムバッジをゲットしようとライモンジムに来たサトシたちとベル。ライモンジムは、電気タイプのポケモンを操る売れっ子モデルのカミツレがジムリーダーをつとめているという。早速ジム戦にのぞもうとするベルだが、なんとバトル・フィールドではベルの父がベルを家に連れ帰るためにジムで待っていたのだった。ベルは父になんとか旅を続けたいと説得を試みるが、父は全く聞く耳を持たないのだった。
第50話『ライモンジム！華麗なる電撃バトル！！』
カミツレとのジム戦を前にして対策を練るサトシ。カミツレの強力な電気タイプのポケモンに対抗するため、カミツレのポケモンにダメージを与えにくいピカチュウを外してジム戦のメンバーを立てることにした。やる気いっぱいのピカチュウはそんなサトシに不満な様子だ。そして始まるジム戦。カミツレの“らいでんポケモン”ゼブライカに対し、サトシは“しんどうポケモン”のガマガルで対抗する。
第51話『サトシ、デントVSサブウェイマスター！』
ジム戦を終えたサトシたちは、ライモンシティで一日を過ごしていた。メトロソムリエのデントは地下鉄に乗って、すべてスタンプを集めるとサブウェイマスターとし合いができると言うサブウェイ・スタンプラリーをすることにした。一方サトシとアイリスはライモンシティの観光をすることにして、一同は別行動で一日を過ごすことになった。そこに一匹の迷子になった“キバポケモン”のキバゴを発見し、飼い主を探すことに。
第52話『サトシVSチャンピオン･アデク！』
サトシたちは、パフォーマーストリートでライバルのシューティーと再会する。シューティーは子供のころにイッシュリーグチャンピオンのアデクと出会い、アデクを目標として強いポケモントレーナーになる決意をしたのだという。そのアデクが最近この近くに出現したという噂を聞いて、シューティーは探しているのだという。ついに、アデクと出会えたサトシとシューティーは早速アデクにバトルを申し込む。
第53話『虹の彼方へ！マラカッチでミュージカル!!』
ホドモエシティを目指し旅を続けていたサトシたちはとある町でダンスの練習をする“サボテン”ポケモンのマラカッチ達、「トリオ・ザ・マラカッチ」と、そのトレーナーのトビオと出会った。トビオと「トリオ・ザ・マラカッチ」は、ライモンシティのポケモン・ミュージカルのオーディションに受かるべく、腕試しとしてこの町のポケモン・パフォーマンス大会に参加しようとしているのだと言う。
第54話『メブキジカ！春夏秋冬勢揃い!!』
サトシたちは、ポケモン専門のカメラマン「ポケモンフォトグラファー」のロバートと出会った。ロバートは祖父が撮ったという、四季それぞれ姿をした“きせつポケモン”のメブキジカが一か所に集まって写っている写真をサトシたちに見せてくれたのだった。ロバートは祖父と同じ場所に行って、春夏秋冬の姿をしているメブキジカが一か所に集まっている写真を撮ることを心に決めているのだという。
第55話『ズルッグとわがままゴチム！』
ホドモエシティを目指す旅の途中、サトシたちは１体のゴチムとそのトレーナーのコハルと出会うが、コハルはわがままな“ぎょうしポケモン”のゴチムの言いなりになってしまっているトレーナーだった。ゴチムはサトシの“だっぴポケモン”のズルッグをすっかり気に入ってしまい、コハルはなんとかサトシからズルッグを譲ってもらおうと必死だ。
第56話『アイリスとモノズ！育て屋修行！！』
ホドモエシティへと旅を続けるサトシ達は、途中でポケモンの育て屋のボビーと、３匹の“そぼうポケモン”のモノズと出会う。３匹のモノズたちは、初めて育て屋に預けられてトレーナーを探すために脱走してしまったのだという。ドラゴンタイプの世話を経験したことが無く困っているボビーのために、竜の里出身のアイリスは世話の手伝いを申し出、サトシ達も一緒に手伝うことに。
第57話『怪傑ア☆ギルダーVSフリージ男！』
ホドモエシティに到着したサトシたちは、ジムの再開を待つ間、ホドモエのマーケットを散策することにした一行は、バイク乗りのチャールズとその相棒“からぬけポケモン”のアギルダーと出会い、案内をしてもらうことに。マーケットを散策中の一行は途中で泥棒と出くわすが、そこへこの町のローカルヒーロー“快傑ア☆ギルダー”とアギルダーが現れ、犯人逮捕に協力するのだった。
第58話『デントとポッド兄弟バトル！バオップVSヤナップ』
ホドモエジムでのヤーコンとのジム戦に向け、特訓に燃えるサトシ。だが、その前にデントの兄弟でサンヨウジムのジムリーダーの一人、ポッドが現れた。ポッドはデントの修行の成果を知るために、ポケモンバトルをしたいといきなり言い出す。そこで始まる、兄弟バトル。ポッドは相棒の“こうおん”ポケモンのバオップで、一方デントは“くさざる”ポケモンのヤナップで勝負に臨み、見事デントが勝利する。
第59話『トルネロスVSボルトロスVSランドロス(前編)』
ミロス島に着いたサトシたちは復活草をドレディアに協力して取って来てもらっているという青年、ユウトと出会う。ユウトによると、最近ミロス島の土地が痩せてきてしまったためか、草タイプのポケモンの元気が無くなり、さらに復活草も枯れてしまっているのだという。ユウトとサトシたちは、ミロス島の伝説にしたがって、豊穣の神“ほうじょう”ポケモンのランドロスに祈る、雨乞いの儀式をすることにするが…
第60話『トルネロスVSボルトロスVSランドロス(後編)』
復活草を求めて、豊穣の神“ほうじょう”ポケモンのランドロスに祈る雨乞いの儀式をすることにするサトシたち。しかし、突然風の神“せんぷう”ポケモンのトルネロスと雷の神“らいげき”ポケモンのボルトロスが現れた。魔除けの役割をしていた石碑のくさびが破壊されていたのだ。２体の戦いを鎮めようとランドロスをなんとか召喚したサトシたちだったが、３体の戦いの途中でキバゴとゴチミルがひどく負傷してしまう。
第61話『地底のジム戦！VSヤーコン!!』
ミロス島で無事復活草を手に入れたサトシたちは、ホドモエジムのジムリーダー・ヤーコンとやっとジム戦ができることになった。幼いころから鉱山をポケモンと一緒に拡げてきたヤーコンは、“じめん”タイプのポケモンを中心としたパワフルなバトルに自信たっぷりだ。そして始まったジム戦。ヤーコンの一体目は“さばくワニ”ポケモンのワルビル、サトシは“ラッコ”ポケモンのミジュマルで勝負を挑む。
第62話『バチュル、デンチュラ！電気石の洞穴!!』
フキヨセシティに向けて旅を続けるサトシたちだったが、途中でピカチュウが“くっつき”ポケモンのバチュルに電気を吸い取られてしまう。ピカチュウを助けようとする、“トラップ”ポケモンのマッギョと“モモンガ”ポケモンのエモンガも同様に電気を吸い取られて、体力を消耗してしまっていた。３匹を助けるためポケモンセンターに移動した一同は、ジョーイから本来ならその付近にバチュルはいないという話を聞く。
第63話『通信交換進化！シュバルゴとアギルダー!!』
ベルの“マイマイ”ポケモン・チョボマキとアララギ博士の“かぶりつき”ポケモン・カブルモを通信交換させる瞬間に立ち会うことになったサトシたち。でもベルのチョボマキは、おくびょうな性格で、交換する前にバトルさせるも、積極的な性格のカブルモに圧倒されてしまい、うまくいかない様子。そんな中、いよいよ通信交換開始！すると何と、チョボマキは“からぬけ”ポケモン・アギルダーに！
第64話『黒き英雄の遺跡! シンボラーとデスカーン!!』
フキヨセシティへ向け旅を続けるサトシたちは、伝説のポケモンの研究者・アララギ博士の父と出会う。そして博士から、かつて伝説と呼ばれしポケモン・ゼクロムと英雄が交信していたという遺跡が近くで見つかったのでこれから探索に行くと聞いたサトシたちは、一緒に連れて行ってもらうことに。ただ、遺跡には古代人のトラップが数多く仕込まれていてかなり危険な場所らしい。
第65話『ダブルバトル! ピカチュウ・ワルビルVSペンドラー・ガマゲロゲ!!』
サトシたちの前に突如現れたサングラスをかけたワルビル。なんと！ピカチュウをライバル視するワルビルは、サトシたちをずっと追いかけてきていたのだった！そんな中、とある町で出会った少年ニックに、ピカチュウを貸してほしいと頼まれるサトシ。理由を聞くと、友達のグレンからポケモンバトルを挑まれたが、まだトレーナーではないためポケモンを持っていない様子。
第66話『アフロでGO! バッフロンはNO!!』
突如“ずつきうし”ポケモン・バッフロンに襲われたサトシ達。なんとか逃げ切ったが、アイリス、ポカブ、ミジュマル、ツタージャ、キバゴは、サトシたちとはぐれてしまった。アイリスたちは、見回りに来ていたジョーイとタブンネに出会い、バッフロンの生息地に迷い込んでしまっていたことを知る。バッフロンは、生息地に入る者を敵とみなして攻撃する習性を持つという。
第67話『フキヨセジムのエアバトル! 挑戦者デント!?』
遂にフキヨセシティに到着したサトシたち。フキヨセジムのジムリーダー・フウロの元へ向かったが、ジムは完全予約制。エアバトルといわれるバトルが行われるといい、早速、午後の部を予約したサトシ。まずは午前の部のジム戦の様子を見守ることに。なんと！エアバトルとは、お互いの手持ちポケモンを全て見せ合い、どんなバトルになるかをフウロが頭の中でシミュレーションし、実際にはバトルを行わずに勝敗を決めるものだった！
第68話『フキヨセジム! VSフウロ空中決戦!!』
デントのバトルでの説得もむなしく、相変わらずエアバトルに自信満々のフウロ。同じくエアバトルに疑問を抱くサトシがジム戦を挑む。サトシのハトーボーに対し、フウロは進化系である“プライド”ポケモン・ケンホロウで迎え撃つ！スピード勝負の空中戦。一進一退の攻防が繰り広げられる。疲れの見えるハトーボーをモンスターボールに戻しピカチュウが応戦するも、でんきタイプのわざがことごとく封じられてしまう…！
第69話『難関突破! 天空の塔を登れ!!』
セッカシティに向かうサトシたちは、偶然ケニヤンと再会を果たす。そこで「願いの鐘祭り」があることを知り、全員で参加することに。その祭りとは、パートナーポケモン１体とペアになり、様々な競技を勝ち抜くものである。優勝者には「どんな願いでも叶う」と云われる「願いの鐘」を鳴らす権利が与えられる。早速、借り物競争で「かみなりのいし」を探すことになるが、ピカチュウに触れるとライチュウに進化してしまう…！？
第70話『ドンナマイト開幕!ズルッグVSヤナッキー!!』
サトシたちはトアルタウンで開催されるバトル大会「ドンナマイト」に参加することに。「ドンナマイト」の主催者は、ドン・ジョージ。かくとうタイプのポケモンが多く参加する肉弾戦で有名だ。そこでサトシはかくとうタイプのズルッグをパートナーに選ぶ。一回戦で、サトシはアッキーの“とげざる”ポケモン・ヤナッキーと激突！だが、とびひざけりに失敗したズルッグは、絶体絶命のピンチに追い込まれてしまう。
第71話『どんどん続くよドンナマイト!クリムガンVSキリキザン!!』
ポケモンバトルクラブ ドン・ジョージ主催のバトル・トーナメント「ドンナマイト」。白熱する第一回戦、アイリスはドリュウズをパートナーに選び、ポケモンソムリエール・カベルネのフタチマルを迎え撃つ。みずタイプのフタチマルに対し、じめんタイプをもつドリュウズは相性で不利だ…。さらに、カベルネとフタチマルのコンビネーションは、ポケモンソムリエ・デントの予想以上に成長していた…！どうするアイリス！？
第72話『熱闘ドンナマイト!キリキザンVSエンブオー!!』
熱闘が続く肉弾戦バトル・トーナメント大会「ドンナマイト」。一回戦最後のバトルでは、ベルのエンブオーとシューティーのローブシンが激突。最終進化形同士の対決となった！進化をして、さらにパワーアップしたローブシンに対し、エンブオーは苦戦を強いられ大ピンチ！！その時、ベルはとんでもない指示を出して…！？さらに、ケニヤンＶＳデントは大迫力のバトルを繰り広げる！
第73話『決戦ドンナマイト！ナゲキＶＳダゲキ！！』
ますますヒートアップする肉弾戦バトル・トーナメント「ドンナマイト」。準決勝対戦カードは、ベルのエンブオーＶＳケニヤンのダゲキ。パワーが持ち味のエンブオーに対するは、スピードのダゲキ！ビルドアップにより攻撃力が増したダゲキは、得意のからてチョップでエンブオーに襲い掛かる…！さらに、サトシＶＳマサオミのバトルが幕を開ける。
第74話『キバゴ救出！アイアントの巣窟！！』
セッカシティに向かう途中のサトシたち。サトシのクルマユ、アイリスのエモンガのバトルの練習中に、なんと、クルマユが“こそだてポケモン”ハハコモリに進化をした！ハハコモリは、挨拶代わりに葉っぱで服を作る習性を持つ。まずはピカチュウたちに葉っぱの服を作り、大喜びのキバゴには葉っぱの仮面も作ってあげたのだった。
第75話『ネジ山の激闘！アバゴーラの奇跡！！(前編)』
セッカシティに向かう途中、迷子になってしまったサトシたち。何かを打つ音がする方向を頼りに歩いた先で、フジオと出会う。フジオは大きな岩を持って興奮した様子。なんと！アマチュアポケモン考古学者として長年研究を重ねてきた、“こだいがめポケモン”プロトーガの化石を発掘したのだった。大昔に絶滅した、と云われるプロトーガ。だがフジオは、子供の頃、生きているプロトーガと遊んだことがあるという…。
第76話『ネジ山の激闘！アバゴーラの奇跡！！(後編)』
ロケット団は、「時の門」から過去の世界にタイムスリップすることを計画していた。絶滅したとされる過去のポケモン達を大量にゲットし、戦力を増強させてイッシュ地方の征服を目論んでいたのだった！！その「時の門」を安定させるには“こだいがめポケモン”プロトーガの生体エネルギーが必要なのだ…。遂に、ロケット団の化石復元装置によって、プロトーガは現代の世界に復活させられてしまった。
第77話『炎のメモリー！ ポカブVSエンブオー！！』
アスチルベタウンのバトルクラブで一休みをするサトシたち。そこで出会ったスワマという少年は、サトシのポカブの元トレーナーだった！なんと、「バトルの才能がない」という理由でポカブを捨てたスワマ。自分勝手な行動を非難したサトシに対し、スワマは「いかにポカブがダメなやつか、俺がダブルバトルで証明してやる！」という。一方ポカブは昔の思い出に浸り、バトルに気が進まない様子。
第78話『ハチク登場！ウルガモスの聖なる山！！』
セッカシティ近くの山を旅するサトシたち。危うく崖から岩が落ちて来たところを、山のふもとで修業をしていたハチクと“とうけつポケモン”ツンベアーに救われる。実は彼らは、有名な映画「氷の三部作」に出演していた映画界の大スターだった。さらにハチクたちの修行風景も見せてもらい、映画ソムリエのデントは大興奮！すると、突然山が暗雲に覆われていく…。
第79話『セッカジム戦！氷のバトルフィールド！！』
７個目のバッジをゲットするため、セッカジムの門を叩いたサトシ。目の前には氷のバトルフィールドが広がっていた！ジムリーダー・ハチクはこおりタイプのポケモンの使い手だ。“ひょうせつポケモン”バニリッチに対するは、こおりタイプと相性の悪いワルビル！バニリッチは、反撃のスキすら与えず攻め続ける…！
第80話『ポケモンソムリエ対決！テイスティングバトル！！』
残り１個のバッジをゲットするため、ソウリュウジムへ出発する準備をしていたサトシたち。すると、デントを探していたという男が現れ、３人は突然車の中へ押し込まれてしまう。サトシたちはチカクノタウンのお金持ち、ハットリ邸に到着。聞けば、ハットリ氏の愛娘モモッチが初めてポケモンを持つことになり、優秀なＡクラスポケモンソムリエに、パートナーを選んでほしいというのだ。
第81話『テッシード研究所！アイリスとバイバニラ！！』
船着場へ向かうサトシたちは、偶然、ドラゴンバスター・ラングレーと“ブリザードポケモン”バイバニラに出会う。ラングレーは「ポケモンの能力を高めるコケ」をもらうために、テッシード研究所へ向かう途中だった。興味をひかれたサトシたちも研究所へ行くことに。コケは“とげのみポケモン”テッシードが岩や石の成分を体内に取り込むことによって作られていた。すると突然、コケが大量発生！研究所を覆い尽くしてしまう！！
第82話『映画対決！出撃イッシュ防衛隊！！』
遂に、ジムがある港町へと到着したサトシたち。デントによると、この町には古くから映画の撮影所があり、最近では映画のアミューズメントパークも完成したのだという。そこで偶然、ルークと“わるぎつねポケモン”ゾロアと再会を果たす。映画監督を目指すルークは、そのアミューズメントパークのプレイベントに招待され、映画コンクールへ参加するためにこの町を訪れていた。
第83話『激闘タチワキジム！ＶＳホミカ！！(前編)』
イッシュリーグ出場をかけた８個目のバッジゲットのために、遂にタチワキジムの門をくぐったサトシ。ジムリーダーは、スーパーパンクバンド「ザ・ドガース」のホミカ！ジムは、なんとライブ会場兼バトルフィールドだった！バトル＆ライブ好きな観客に囲まれてアウェーな空気が漂うが、サトシはピカチュウの１０万ボルトでさらに会場を盛り上げる。
第84話『激闘タチワキジム！ＶＳホミカ！！(後編)』
一進一退の攻防が続く、タチワキジム：ジム戦！ “メガムカデポケモン”ペンドラーに対し、サトシは“ひぶたポケモン”チャオブーで挑む！相性の良さを生かして、有利にバトルを進めるサトシ！ところが、どくの攻撃を浴びせられたチャオブーは、徐々に体力を削られていく…。その時、ホミカがモモンの実を取り出して…！？イッシュリーグ出場をかけた８個目のバッジゲットなるか！？果たして…！？
ポケットモンスター ベストウイッシュ シーズン2（2期）
第85話『歌えメロエッタ！愛の旋律！！』
サトシたちは、タチワキシティ行くことに。すると、なんとそこでシンオウ地方のチャンピオン・シロナと出会う！シロナは、カゴメタウンで開かれる「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」のエキシビションマッチに参加する予定だという。シロナと一緒にサザナミタウンへ向かう。その途中、とても珍しい“せんりつポケモン”メロエッタが目の前に現れる。だが、傷だらけのメロエッタは突然倒れてしまい…！？
第86話『ポッチャマＶＳヤナップ！華麗なるバトル！！』
サザナミタウンに到着したサトシたち。先客がいるというシロナの別荘に向かう車中で突然“せんりつポケモン”メロエッタが姿を現した！どうやらメロエッタはサトシを気に入って、ついてきたようだった。そして、別荘で待っていたのは、ヒカリと“ペンギンポケモン”ポッチャマ！ジュニアカップに向けて共に合宿をすることになったサトシたち！そこでデントはヒカリにバトルを挑む！その様子をロケット団が監視をしていて…！？
第87話『イワークの島でサバイバル！』
サザナミタウン・シロナの別荘で、特訓に明け暮れるサトシたち。息抜きをしたいというヒカリの提案で、珍しい“いわへびポケモン”イワークがいるといわれる無人島へ行くことに。洞窟を探検中に、突然イワークに襲われる。なんとか逃げ切れたものの、サトシたちはアイリス・ヒカリとはぐれてしまった。一旦海岸へ戻ることにした道の途中で、たくさんのイワークが！！すると、メロエッタが歌を歌い始め、その姿が…！？
第88話『ソムリエ探偵デント! 消えたクマシュンの謎!!』
サトシたちは、少年クリスと出会う。クマシュンが密室であるはずのポケモンハウスからいなくなってしまったというのだ。心配になったサトシたちは一緒に探すことに。デントはソムリエ探偵としての力を発揮して、森の中で怪しい足跡を発見。足跡をたどって、さらに森の奥へと進む。すると、目の前に鼻水を垂らしながら果物を食べている“とうけつポケモン”ツンベアーが！まさか、このツンベアーは…！？事件の真相やいかに！？
第89話『アイリスと暴れ者カイリュー!』
シロナの別荘で、朝の支度をしているサトシたち。すると突然、サザナミタウンの町中が停電になってしまった。この町で有名な暴れ者の“ドラゴンポケモン”カイリューが原因で停電が起こったのだという。だが、その話を聞いたアイリスは「絶対にドラゴンタイプには悪い子はいない！」と、変電所へと駆け出してしまう。サトシたちも変電所内部へ向かうと、そこには翼に傷を負ったカイリューが奥の部屋でうずくまっていた。
第90話『ジュニアカップ開幕! カイリューVSツンベアー!!』
遂に「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」が開幕。優勝者はイッシュ地方チャンピオン・アデクとバトルができるのだ。第一回戦は、アイリスの“ドラゴンポケモン”カイリューＶＳドラゴンバスター・ラングレーの“とうけつポケモン”ツンベアーのバトル！カイリューは相性の悪いこおりタイプのツンベアーの攻撃を、なぜか真っ向から受けまくる！困るアイリスの指示をことごとく無視し続けて、一体どうなる…！？
第91話『パワーバトル! アイリスVSヒカリ!』
熱闘が続く「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！アイリスのカイリューは、ポケモンコーディネーター・ヒカリの“２ほんキバポケモン”マンムーと２回戦でバトル！１回戦でカイリューとのコンビネーションに大苦戦していたアイリス。今回のバトルもアイリスの思うようにはうまくいかず…！？そして、デントはシューティーとドンバトル以来、２度目のバトル！“ロイヤルポケモン”ジャローダＶＳイシズマイ！
第92話『サトシ、アイリス、シューティー! 最後のバトル!!』
遂に準決勝を迎えた「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！サトシはワルビルで、アイリスのカイリューとバトル。ここにきて、ようやくカイリューとの息も合ってきたアイリスは、バトルをしている感触をつかんだ自信を持ち、順調にわざを仕掛けていく！一方、ドラゴンタイプと相性が不利なワルビルは、カイリューのわざを大量に浴びたため大ピンチに！！しかし、その時ワルビルの姿が…！？
第93話『別れと出会いのジュニアカップ!』
「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」で優勝したシューティーは、アデクのバッフロンとジャローダでバトル！万全の体制で挑むシューティー。対するアデクは、チャンピオンとして堂々とその全てを受け止めるのだった。そこには思いもよらない結果が待っていて…！？そして、大会を終えたヒカリとポッチャマは、ミクリカップに出場するためにジョウト地方へ発つことを告げる。
第94話『セイガイハジム戦! マンタインVSダイケンキ!!』
ジュニアカップの会場で出会った少年・コテツに付き合ってセイガイハジムへ行くことになったサトシたちだったが、道の途中で、サトシとコテツはデント・アイリスとはぐれてしまう！コテツの特技に助けられ、どうにかジムへ到着！そこには水タイプジムらしい、湾の中に作られたフィールドが広がっていた。ジムリーダー・シズイは“ふゆうポケモン”ブルンゲル、対するコテツは“とげだまポケモン”ナットレイでバトル！
第95話『ポケモン保育園は大騒ぎ! ワシボンとバルチャイ!』
イッシュリーグ出場に向けてシロナの別荘でトレーニング中のサトシたちは、森の中でケンカをしている“ヒナわしポケモン”ワシボンと“おむつポケモン”バルチャイと出会う。するとそこにポケモン保育園の新米保育士レイラ先生が現れ、２体はいつもこの調子でケンカをしてしまうのだと嘆く。そんな中、レイラ先生に注意をされたバルチャイが保育園から逃げ出して…！？
第96話『メロエッタと海底の神殿!』
シロナの別荘で特訓中のサトシたち。その時突然、サトシたちを悪党だと思い込んだ青年ラリーと“ゴーレムポケモン”ゴルーグが攻撃を仕掛けてきた！とっさにメロエッタがサトシをかばい、サトシたちは誤解を解くことができた。と、その時！怪しげな監視メカを見つけたサトシたち！この場所も危険であることがわかり、メロエッタを守るため、大急ぎで別荘を出たが、なんと目の前に突如ロケット団のボス・サカキが現れ…！？
第97話『霊獣フォルム総進撃! イッシュ最大の危機!!』
イッシュ地方制圧計画「オペレーション・テンペスト」。ロケット団によって、海底の神殿に捕らわれてしまったメロエッタとサトシ、ピカチュウ。なんと、サカキはトルネロス・ボルトロス・ランドロス伝説の３体を使ってイッシュ地方を制圧しようと企んでいたのだった…。「うつしかがみ」の力で召喚された伝説の３体は、霊獣フォルムへとフォルムチェンジし、サカキの指示のもと暴走を始める！！
第98話『世界一華麗なポケモン!? チラチーノVSツタージャ!』
イッシュリーグの開催地がヒガキシティに決まり、シロナの別荘をあとにしたサトシたち。森の中で、花園歌劇団のマヤと“スカーフポケモン”チラチーノ、ミズキと“はなかざりポケモン”ドレディア、シオンと“ブーケポケモン”ロズレイドと最悪な出会いを果たすことに。マヤは、エモンガ、さらにはツタージャをも「ぶちゃいく！」とののしり、アイリスはカンカンに！！
第99話『大空と大地のタッグバトル!』
旅を続けるサトシたち。突然、“ゆうもうポケモン”ウォーグルと“もぐらポケモン”モグリュー、そのトレーナーの、ソラン＆リーク兄弟が現れ、サトシとデントにタッグバトルを挑んできた！！「ドリルウィング」、「ほーるバード」、「つばめクロー」など、誰も見たことのない、コンビネーション抜群の合体技を繰り出す２体！対するケンホロウとヤナップも負けじと合体技で応戦！果たして、結果は…？
第100話『アイリス、竜の里へ帰る!』
サトシたちは旅の途中、アイリスの故郷、竜の里に立ち寄ることに。再会したショウブが育てている“らんぼうポケモン”ジヘッド２体も現れた。同じ日にタマゴからかえった兄弟分で、お兄さんの方は今日はなぜか元気がないという…。すると、お兄さんのジヘッドが“きょうぼうポケモン”サザンドラへ進化！だが、サザンドラは自分の進化に驚き、突然暴れ始めてしまう！アイリスは「自分が何とかする」と言うが…！？
第101話『ソウリュウジム! アイリスVSシャガ!!』
ソウリュウシティに到着し、ジムリーダー・シャガとバトルをすることになったアイリスは気合十分。アイリスは心を落ち着かせるためにソウリュウシティ鉄塔へ登り、気持ちを奮い立たせる。今度こそ、２人のコンビネーションで勝つ！アイリスは全力でシャガに立ち向かう！“ちていポケモン”ドリュウズが“あごオノポケモン”オノノクスとリベンジバトル…！！一体どうなる！？
第102話『チーム・イーブイ出動せよ! ポケモンレスキュー隊!!』
サトシたちは、岩でふさがれている道を無理矢理通ろうとして、崖から落ちてしまう。その時、青年バージルと“たいようポケモン”エーフィに助けられる。バージルは、父や兄と共にポケモンレスキュー隊を組み、街を守っているという。バージルのチーム名は「チーム・イーブイ」。イーブイとその進化形７体と共に活動をしているのだ。そんな中、ダムで事件が発生。バージルとサトシたちは応援へ向かう。
第103話『開幕 イッシュリーグ・ヒガキ大会! サトシ対シューティー!!』
遂にイッシュリーグが開かれるヒガキシティに到着したサトシたち。無事に大会へのエントリーを済ませ、各々の宿舎へ戻ろうと歩いていると、今度こそ遅刻しないようにと、コテツとリオルが３日も前から待機していたのだったが、実はまだエントリーしていないのだという。驚いたサトシはコテツを連れて、受付終了のアナウンスが流れる中、急いでエントリー受付へ！果たして間に合うのか…！？
第104話『熱闘! ライバルバトルを勝ちぬけ!!』
大激戦が続くイッシュリーグ予備戦、サトシのピカチュウＶＳシューティーのジャローダのバトル！ジャローダ得意の必殺技、ドラゴンテールとまきつくの連続攻撃が決まり、大ピンチのピカチュウ。10万ボルトで必死に応戦するも、ジャローダには秘策が…！？シューティーに今度こそ勝ちたい！サトシとピカチュウは勝利をもぎとることができるのか！？
第105話『キバゴ迷子になる!』
イッシュリーグ・ヒガキ大会は早くも中盤戦へ突入。サトシたちは一度宿舎へ戻ることに。すると、ピカチュウが気づく…キバゴがいない！！なんとキバゴは、漂う風船を追いかけて、うっかりサトシたちとはぐれてしまったのだ！！アイリスは必死にキバゴを探す。そんな中、ミジュマルは箱いっぱいに入った果物を路地裏で見つけ、それを全部平らげてしまう。それは“ゴミぶくろポケモン”ヤブクロンの果物で…。
第106話『ダゲキ登場! サトシ対ケニヤン!!』
白熱のバトルが続くイッシュリーグ・ヒガキ大会！２回戦を勝ち進んだサトシは、遂に３回戦へと駒を進めた。迎える３回戦の相手は、なんとケニヤン！ドンバトルや願いの鐘バトル、ドンナマイト…、あらゆる大会で共に戦ってきたケニヤンとサトシ。お互いの手の内を知っている仲なだけに、選ぶポケモン、わざを互いに予想し、バトルに挑む！！
第107話『サトシ対コテツ! 秘密兵器サザンドラ!!』
４回戦に進んだサトシは、コテツと６対６のフルバトル！！サトシは“こうせきポケモン”ガントルで勝負を挑む！パワーのあるサザンドラに正確にわざを当てにいくガントル！果たして…！？そして、コテツの最後の砦にして良きパートナー“はもんポケモン”リオル。一見はちゃめちゃに見えるコテツの指示だが、リオルとのコンビネーションは抜群だ！すると、リオルの様子が…！？
第108話『決着イッシュリーグ! ピカチュウ対ルカリオ!!』
サトシとコテツの４回戦は混戦を極めていた！なんと！コテツの相棒・リオルが“はどうポケモン”ルカリオに進化した！ルカリオのわざは格段にパワーアップ！さらに新技を覚えていて、サトシとツタージャを追い込むが…！？さらに、既に２戦を戦ったピカチュウがルカリオとバトル！！体力を消耗しているピカチュウは、長期戦を避けるために、スピード勝負でルカリオに挑む！果たして、勝利の女神はどちらにほほえむ！？
第109話『アララギ研究所！新たなる旅立ち!!』
イッシュリーグを終えたサトシたちは、カノコタウンのアララギ博士の元へ向かっていた。そんな道の途中で出会った新人トレーナー・ノノミ。とっても慎重な性格で、石橋を渡ることさえもためらって、道の真ん中でオドオドしていた。サトシたちはノノミを励まして、研究所へ向かう。アララギ博士やオーキド博士にイッシュリーグの報告をしたサトシは、カントー地方へ戻る決意をする。するとノノミが研究所へやってきた！
第110話『トモダチ…その名はＮ！』
カノコタウンから船で旅立ったサトシたち。伝説と呼ばれしポケモン・レシラムにまつわる場所、「白の遺跡」を目指して…。ヒオウギシティに向かう船旅の途中、ポケモンの心の声が聞こえると言う不思議な青年・Ｎ（エヌ）と出会ったサトシたち。ポケモンの事を「トモダチ」と呼び、ポケモンにバトルをさせるのは嫌いだときっぱり言い切る。そんな中、突然ロケット団が襲いかかってきた！
第111話『新ジムリーダー・チェレン！』
新しくジムが開設されたというヒオウギシティに到着したサトシたち。ジムリーダー・チェレンの元へ向かった先には、なぜか学校が…。そんな中、サトシたちのもとを離れ、放送室の機材で遊ぶキバゴ。学校中に響く大音量で音を出したことが原因で、ポケモンハウスにいたポケモンたちが驚いて逃げ出してしまった！手分けをして探すものの、デントとヤナップのコンビはコアルヒーに翻弄され、とんでもないことに…！？
第112話『アクロマVSハンサム！プラズマ団の陰謀!!』
サンギタウンにやってきたサトシたち。突然、目つきのおかしい“きのこポケモン”モロバレルたちから襲われてしまった！どうやら最近山のポケモンたちが頻繁に暴れているらしい。さらに、町の天文台に怪しい人々がいることを聞き、早速向かうことに。だが、道の途中で、突如ピカチュウ・キバゴ、野生のポケモンたちが一気にサトシたちに攻撃を始める。驚くサトシたちを助けたのは、山男だったがその正体は…！？
第113話『霧のサンギ牧場！デンリュウのあかり!!』
サンギ牧場にやってきたサトシたちは、少女エリーと、“ライトポケモン”デンリュウ、“わたげポケモン”メリープたちと出会う。普段デンリュウはメリープの群れをまとめる仕事をしているのだが、これがなかなか言うことを聞いてくれないという。「かみなりパンチ」を習得すればデンリュウを認めてもらえるはずだと、エリーは奮起していたのだった。アイリスはそのコーチにカイリューを任命し、早速一緒に練習を始める。
第114話『Ｎ再び！ウォーグル救出作戦!!』
“ゆうもうポケモン”ウォーグルを運んでいるプラズマ団団員たち。だがそこに、弱るウォーグルを運び出すために、トラックに飛び込むＮの姿が…！プラズマ団員は、“ネコイタチポケモン”ザングースと“キバへびポケモン”ハブネークでＮに襲い掛かる！背中を切り付けられたＮは崖下に転落してしまう！！サトシたちはなんとか逃げ切ったウォーグルを連れたＮとポケモンセンターで再会を果たすが、そこにはプラズマ団が…。
第115話『急げ！ポケモン湾岸救助隊!!』
タチワキシティに到着したサトシたち。遠くで煙が上がっていたので行って見ると、ポケモン湾岸救助隊の、“しゅぎょうポケモン”フタチマル、“ふゆうポケモン”プルリル、“けいかいポケモン”ミルホッグ、救助隊隊長のヒロトが非常時の訓練を行っていた。そんな中、ミルホッグは、もっと自分も役に立ちたいと、監視係以外の仕事を熱望するのだった。と、その時！タチワキコンビナートで事故が発生！救助に向かうが…。
第116話『燃えよリザードン！ＶＳカイリュー！』
カントー地方を紹介する「カントーフェア」にやってきたサトシたち。特設ステージでは、“とかげポケモン”ヒトカゲが元気にご挨拶をしている。サトシは自分の“かえんポケモン”リザードンのことを思い出す。かつて、一緒に旅をして、最強のパートナーとして大活躍をしたリザードン…。久しぶりにリザードンに会いたいと思ったサトシは、オーキド博士に転送をお願いすることに。
第117話『プラズマ団の野望！操られたポケモンたち!!』
サトシたちとＮはとある街を訪れる。その街では、プラズマ団が科学者アクロマを筆頭に怪しげなマシンを使って、ポケモンを操る実験をしていた。マシンの光線をあびた一体の“あごオノポケモン”オノノクスが暴走を始め、街が一時封鎖される大騒ぎに！アイリスはドラゴンタイプに悪い子はいないと言って、無理矢理街に潜入。アイリスのカイリューがオノノクスを止めようとするが、カイリューまでもが突如暴れ始めてしまう！
第118話『Ｎの秘密…霧の彼方に！』
霧が晴れると、そこにはヘレナ、バーベナという女性と、“ほうようポケモン”サーナイト、“てんたいポケモン”ゴチルゼルが現れた。泉に浸されるＮ。すると、体に光をまといみるみる傷が癒えていく…！この場所は、Ｎたちの隠れ家で、人間に傷つけられたポケモンたちの傷を癒しているのだという。すると突然、プラズマ団たちが襲い掛かかってきた！
第119話『ロケット団VSプラズマ団！ニャースとアクロマ!!』
プラズマ団のアジトで不敵な笑みを浮かべ対峙する、科学者アクロマとロケット団のニャース…。ニャースはアクロマの研究者としての力をロケット団のために使わないか？と言葉巧みに誘う。アクロマも、ニャースの有機素体としての潜在能力を引き出したいと応える。早速、ニャースはアクロマの実験台となり、マシンの電波を浴びる。電波はどんどん強くなり、突如、ニャースの目つきが変わる時が…！！
第120話『白の遺跡！サトシ対Ｎ!!』
サトシたちは、リュウラセンの塔の前までたどり着いた。そこへ、アララギ博士の父が遂に、伝説と呼ばれしポケモン・レシラムが姿を変えたといわれる「ライトストーン」の在処を突き止めたのだという。白の遺跡に到着したサトシたちはアララギ博士の父とともに、早速遺跡の内部へ…。そして、博士がその封印を解いた瞬間、ライトストーンは激しい光に包まれる！さらに、サトシたちのもとへやってきたのは、あのＮだった。
第121話『プラズマ団襲撃！復活の儀式!!』
遺跡の底で、ポケモンに対する思いを互いにぶつけ合うＮとサトシ。そんな中、Ｎは、遺跡の外で聞こえていたポケモンの声が聞こえなくなった、と焦る。一刻も早く遺跡の外に行かなければ！一方、外では博士、アイリス、デントはプラズマ団に捕まってしまった。ようやく脱出したＮとサトシたちだったが、ピカチュウがマシンによって操られてしまう！そして、遂にプラズマ団の総帥・ゲーチスがレシラム復活の儀式を始める！
第122話『レシラム対N！理想と真実の彼方へ!!』
遂に伝説と呼ばれしポケモン・レシラムは復活してしまった！表情は怒りに満ちている…。さらにゲーチスは早速アクロマに指示を出し、レシラムをコントロールすることに成功。Ｎの必死の叫びも虚しく、レシラムは闇雲にクロスフレイムを放ちまくる！混乱の中、またもアクロマに狙われたピカチュウ！そこに立ちはだかったのはロケット団のニャース！国際警察のハンサムとロケット団の作戦とは！？
第123話『さらばイッシュ！新たなる船出!!』
プラズマ団との死闘を終えたサトシたち。アララギ博士の研究所で一休みをし、カントー地方・マサラタウンへ帰還を決めたサトシだった。そこでアイリスはドラゴンマスターへの道を極めるために、デントはポケモンソムリエとしての見聞を広めるために、サトシとともにカントー地方へ向かうことを決めた！アララギ博士の提案で、連絡船に乗り、デコロラ諸島を通ってカントー地方へ行くことに。デコロラ諸島の旅が幕を開ける！
第124話『甘いハニーミツには危険がいっぱい！』
デコロラ諸島を旅するサトシたちは、ハニー島へ到着。“はちのこポケモン”ミツハニーが集める甘いみつ「ハニーミツ」を使った食べ物が有名だ。船着場で上陸記念のくじ引きを引いたサトシに、特別賞「ハニーミツを使った151種類のお菓子食べ放題」が大当たり！観光局のガイド３人と共に、早速ハニーミツお菓子工場へ向かう…が、それはなんとロケット団！
第125話『ソムリエ探偵デント！大海原の密室!!』
船上のバトル大会「マリンカップトーナメント」に出場するサトシたち。大会終了後には有名な宝石コレクター・リップルのコレクションが披露されるという。デントは、チョロネコを連れたあの人か！？と恐怖に慄く！そのチョロネコはというと、リップルの大切にしている宝石「レパルダスの瞳」に嫉妬をしているというのだ。そして、大会の終了後、なんと「レパルダスの瞳」が消えてしまった！！一体どこに！？
第126話『さらばミジュマル！？ホタチキングへの道！』
「ホタチキング決定戦」が行われるホタチ島に到着したサトシたち。早速会場へ足を運んでみると、お祭りの会場が広がっている。そこにはたくさんのミジュマルやフタチマルの姿が！ホタチキングの栄冠に輝いた者は、金のホタチをプレゼント＆女の子部門で優勝したミジュカちゃんのパートナーになれるという！ミジュマルはミジュカに一目ぼれ！全力で優勝を狙うミジュマル！
第127話『幻影の島！霧の中のゾロアーク!!』
サトシたちは、数十年前に巨大ポケモンの噂がマホラ本島であったという手がかりを掴み、早速噂の離れ小島へ行くことに。そこには大きな“アリクイポケモン”クイタランが！！さらに、クイタランの攻撃で森が炎に包まれ、森のポケモンたちも逃げ出した拍子に、“きのこポケモン”タマゲタケのきのこのほうしがキバゴに直撃！治療をすべく、古びたポケモンセンターで治療をお願いするが、そこは違法のポケモンセンターで…！？
第128話『ロトムVSオーキド博士！』
サトシたちは、ポケモン研究の第一人者であるオーキド博士と合流するため、“プラズマポケモン”ロトムが多く生息していることで有名なムトロ島へ向かった。博士は「ロトムのフォルムチェンジ」に関する論文を書くために、この島を訪れていた。アイリスもエモンガと一緒にお手伝い！するとロトムたちはフォルムチェンジをし、姿を変えた！知られざるロトムの秘密が暴かれる…！？研究の成果やいかに！？
第129話『デコロラ諸島の海賊王！』
デコロラ汽船の食糧庫から高級な食料を奪おうとしているロケット団。そこへ“おおあごポケモン”アリゲイツと“ふんしゃポケモン”オクタン、“みずうさぎポケモン”マリルリがやってきて、食料を横取りしてしまった！船上をダッシュで駆け抜けるポケモンたち！とんでもない悪さをするポケモンの海賊団のアジトを突き止めたサトシたちは、海賊行為をやめるよう説得するのだが、実は海賊団にはとある過去があり…！？
第130話『サトシとバタフリー！また会う日まで!!』
ワタリ島にやってきたサトシたちは、“さなぎポケモン”トランセルの群れが“ちょうちょポケモン”バタフリーに進化する瞬間に立ち会う。こ感動するサトシたちの目の前に現れたのは、一体の“いもむしポケモン”キャタピー。群れの進化に乗り遅れた様子だ。サトシは、昔一緒に旅をした自分のキャタピーを思い出し、進化のお手伝いをしたいと申し出る。
第131話『サトシとアイリスが絶交！？別れの1本道!!』
デコロラ諸島の中で一番大きなオオキナ島に到着したサトシたち。そこで“つちへびポケモン”ノコッチに遭遇！サトシは早速ゲットしようとバトルを挑むも、いやなおとの攻撃を受けた拍子にサトシはアイリスの頭の花飾りを踏んで壊してしまった。あげくゲットも失敗。それをキバゴのせいにしたサトシにアイリスは「絶交よ！」と言い放ち、先に行ってしまう。その様子を静かに見ているデントだったが…！？
第132話『ジラーチに願いを！七日間の奇跡!!』
オオキナ島で旅を続けるサトシたち。とある夜、１０００年に７日間だけ目覚めるという“ねがいごとポケモン”ジラーチに出会うが、サトシたちに驚いたジラーチはその場を去ってしまった。そこへやってきたのは、少女ホリー。ホリーはジラーチにどうしても叶えてほしい願い事があるのだという。それは、この土地の地脈を取り戻すこと。一緒にジラーチを探すことにするが…。
第133話『光る円盤！オーベムたちの街!!』
ポケモンセンターでオオキナ島での最後の夜を明かしたサトシたち。翌朝、デントもアイリスもキバゴも、顔が“ブレインポケモン”オーベムになっているではないか！さらには、ピカチュウもオーベム顔に！ビックリ仰天のサトシは、ジョーイさんとタブンネのもとへ助けを求めに走った！だが、なんと彼女たちもオーベムになっていた！外で出会ったジュンサーさんまでもがオーベム！さらにさらに、町の人々まで！一体どうして！？
第134話『パンジー登場！エリキテルとゴーゴート！！』
ミノリ島（とう）に到着したサトシたちは、道の途中でポケモンルポライターのパンジーという女性と出会う。パンジーは“ライドポケモン”ゴーゴート、“はつでんポケモン”エリキテルとともに、カロス地方から取材のためにやってきたのだった。取材へ向かうパンジーについていくと、祝賀祭が行われていた。そのメインイベントであるポケモン相撲に参加を決めたサトシたち。優勝は誰の手に！？
第135話『お宝の謎！無人島アドベンチャー！！』
ヤシ島（とう）に到着したサトシたちは、パンジーから“ポケモンにまつわる伝説のお宝”が近くの無人島に隠されていると聞く。ポケモンルポライターであるパンジーが、以前に海賊博物館に取材に行った際に見つけた「お宝の隠された暗号」を頼りに、無人島にたどり着いたサトシたちは、謎を解きながら宝探しを進めていく。同じようにお宝の話を聞いたロケット団も、お宝を狙って無人島に向かうのだが…。
第136話『イブキとアイリス！色ちがいクリムガン！！』
サトシたちは、洞窟に住むポケモンたちに会うため、洞窟島（とう）に降り立った。そこで偶然、イブキとの再会を果たす。イブキはこの島に「色ちがいのクリムガン」をゲットしに来たのだが、途中でカイリューとはぐれてしまったという。なんとかサトシたちはイブキのカイリューを見つけ出すことができ、その後、色ちがいのクリムガンを探すイブキと共に、森の奥の洞窟に向かうのだが・・・！？
第137話『オンバーン登場！彗星と勇者の伝説！！』
デコロラ諸島のとある島に到着したサトシたちは、10数年に一度観測できるという美しいほうき星“ウッデート彗星”を観測するためにパンジーと共に山の頂上へ向かうことに。頂上にたどり着いたサトシたちは、この島の勇者と讃えられたウッデートがバトルを繰り広げていたバトルフィールドの遺跡を発見する。薄暗い中を進むと、ピカチュウを狙うロケット団が闇にまぎれて忍び寄ってくるのだが・・・！？
第138話『ゴーゴーゴーゴート！』
サトシたちはパンジーとともに、とある島のポケモンセンターを訪れていた。取材の記事をまとめるパンジーにかわり、ゴーゴートの様子をみることに。そんな中、ゴーゴートのところにこの島の少年・トニーが現われる。角に触れたトニーの思いを感じとったゴーゴートはトニーの思いを感じとり、彼を背中に乗せ、どこかへ行ってしまう。サトシたちはいなくなってしまったゴーゴートを探すのだが…。
第139話『エモンガ、ロケット団に入る！』
草原でのんびりとピクニックをしながら過ごしていたサトシたち。そんな中、アイリスのちょっとした誤解でエモンガがこっぴどく怒られてしまう。ふてくされながら滑空をしていると、ロケット団に遭遇。ポケモンバトルになるが、エモンガは「メロメロ」などを使って１体で勝ってしまう。その圧勝劇に、ロケット団はエモンガを団員に勧誘する。まんざらでは無いエモンガは、ロケット団と行動を共にするのだが・・・！？
第140話『デントＶＳ氷の挑戦者！サンヨウジムの危機！！』
ガンリュウ島に到着したサトシたち。そこに現れたユキノオーに、ヤナップはデントと拾いにいった木の実を分けてあげようと近づく。すると突然攻撃を受けてしまう。ちょうどそのとき、デントの兄弟ポッド・コーンが合流し、このユキノオーのトレーナーであるドラゴが、自分たちがジムリーダーを務めるサンヨウジムの道場破りであることを聞く。サンヨウジムを守るため、デントはドラゴの勝負を受けるのであった。
第141話『ベストウイッシュ！また会う日まで！！』
デコロラ諸島を巡る船旅もいよいよ終わりに近づいていた。サトシたちがカントーに到着する前に、なんとしてもピカチュウ達をゲットしようと目論んでいたロケット団。なんと、巨大バルーンで海をゆく客船を空中に浮かばせ、船内は大混乱。ロケット団はいつものようにサトシたちのポケモンを奪いにかかってくるのだが、添乗員のパーカーさんまでもがサトシたちの邪魔をしてきた。なんとそこには、パーカーさんが２人いて…！？
第142話『オレの夢、ポケモンマスター！』
デコロラ諸島を巡る旅は、ついにカントー地方・クチバシティに到着したことで終わりを告げた。同時に、アイリス・デントとの別れでもあった。３人はそれぞれの夢に向かって旅立っていった。サトシはパンジーと共に、マサラタウンへ帰ってきた。オーキド研究所で久々にイッシュ地方の仲間たちと顔を合わせたサトシが冒険を振り返っていると、またもロケット団がピカチュウや研究所のポケモンたちを狙って襲いかかってきた。
第143話『デントとタケシ！ギャラドスのげきりん！！』
サトシ・アイリスと別れ、ヤナップと共にジョウト地方へとやってきていたデントは、とある湖で釣りをしていた。するとギャラドスが釣り上げられ、早速ゲットを試みるものの、バトルに負けてしまう。ギャラドスのかえんほうしゃでダメージを負ったヤナップを回復させるためにポケモンセンターへ向かい、そこでタケシと出会う。
第144話『アイリスＶＳイブキ！ドラゴンマスターへの道！！』
サトシ・デントと別れ、キバゴと共にフスベタウンにやってきたアイリス。目的はフスベジムのイブキとのポケモンバトル。街に到着すると“りくザメポケモン”フカマルがキバゴに噛みついてくるハプニングに巻き込まれながらも、フカマルと気持ちが通じ合うことができ、仲良しになる。その後イブキとの再会も果たし、いよいよフスベジムへ。アイリスのカイリューVSイブキのクリムガン。激戦必至のバトルがついに始まる！
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